โกดังสามหลังภายในเรือนพำนักแห่งนี้มีโกดัง 3 แห่งที่เป็นสมบัติทางวัฒนธรรมของชาติ
โกดังที่อยู่ถัดจากเรือนใหญ่มีชื่อว่า “โกดังตะวันตก” สร้างขึ้นเมื่อยุคเอโดะตอนปลาย
โกดังตะวันตกนี้เมื่อมองจากด้านหน้าจะแลดูคล้ายตัวหมากรุกญี่ปุ่น จึงมีอีกชื่อหนึ่งว่า “โกดังหมากรุก”
ด้านข้างจะมี “โกดังข้าวใต้” กับ “โกดังข้าวเหนือ” สร้างขึ้นในยุคเมจิและไทโชตามลำดับ
และที่ด้านในของโกดัง 3 หลังจะมีคลังแสงที่สร้างขึ้นในยุคเอโดะตอนปลายเพื่อเก็บปืนและดินปืนของทหารชาวนา