現在、東京の空の玄関口として数多の人々が行き交う羽田空港は、かつて「羽田要島」や「扇ヶ浦」と呼ばれ、穴守稲荷神社を中心とした門前町が広がっていました。
文化・文政年間、当時水害に悩まされていた羽田要島の守り神として、現在のB滑走路南端附近にあった堤防上に稲荷大神を祀ったのが、神社の始まりです。

明治以降は、近隣はもとより遠く海外に至るまで信仰を集め、羽田要島も「東国一の景勝地」と称され、鉱泉宿街・花街・海水浴場・競馬場等の幅広い娯楽施設や参詣電車（現・京急空港線）、そしてのちの羽田空港である東京飛行場をも備えた東京近郊の一大保養地として発展しました。

先の大戦ののち、神社は飛行場拡張の為、ただ一基の大鳥居だけを残し、文字通り空港の礎として埋め立てられ、旧鎮座地と一衣帯水の地へ遷座となりました。
その後、多くの崇敬者の支援の下、社殿や千本鳥居、稲荷山と順次復興を果たしました。

東京有数の観光地と知られた羽田は、日本一の大空港にその姿を変えましたが、穴守稲荷神社は、羽田を守るお稲荷さんとして今も変わらず国内外からの崇敬を集めています。