Originalmente, el santuario formaba parte del santuario Kiyamagu, producto del sincretismo sintoísta-budista con el templo Kiyamaji.

El santuario Kiyama Jinja se construyó en 816 (séptimo año de la era Konin) y está dedicado a las deidades Susanoo-no-Mikoto y Kiyama Gozu Tenno.
Aquí, las deidades son veneradas por muchos como dioses de los caballos y el ganado, de una gran cosecha de los cinco cereales y de un próspero negocio, y éste es un lugar especial donde coexisten el sintoísmo y el budismo.
Junto con el templo Kiyamaji, el santuario Kiyama Jinja se conoce como Kiyamasama. El santuario principal es una hermosa estructura arquitectónica tradicional japonesa con tejado a dos aguas y tejas de cobre. Estatuas de deidades que invitan y dan la bienvenida a deidades de otras regiones se encuentran junto a una puerta que consagra a deidades que protegen el recinto sagrado de los demonios. Tanto el santuario principal como la puerta han sido declarados bienes culturales importantes de la prefectura de Okayama.