Awalnya, kuil ini merupakan bagian dari Kuil Kiyamagu, sebuah produk sinkretisme Shinto-Buddha dengan Kuil Kiyamaji

Kuil Kiyama Jinja dibangun pada tahun 816 (tahun ke-7 era Konin) dan didedikasikan untuk dewa Susanoo-no-Mikoto dan Kiyama Gozu Tenno.
Di sini, kedua dewa tersebut disembah oleh banyak orang sebagai dewa kuda dan ternak, panen besar dari lima biji-bijian, dan bisnis yang berkembang pesat, dan ini adalah tempat khusus di mana Shinto dan Buddha hidup berdampingan.
Bersama dengan Kuil Kiyamaji, Kuil Kiyama Jinja dikenal sebagai Kiyamasama. Kuil utamanya adalah struktur arsitektur tradisional Jepang yang indah dengan atap runcing dan berpinggul serta ubin tembaga. Patung-patung dewa yang mengundang dan menyambut dewa-dewa dari daerah lain berdiri di gerbang yang mengabadikan dewa-dewa yang menjaga tempat suci dari setan. Kuil utama dan gerbang kuil ditetapkan sebagai aset budaya penting di prefektur Okayama.