À l'origine, le sanctuaire faisait partie du sanctuaire Kiyamagu, fruit du syncrétisme shinto-bouddhiste avec le temple Kiyamaji

Le sanctuaire Kiyama Jinja a été construit en 816 (7e année de l'ère Konin) et est dédié aux divinités Susanoo-no-Mikoto et Kiyama Gozu Tenno.
Ici, les divinités sont vénérées par beaucoup comme les dieux des chevaux et du bétail, d'une énorme récolte des cinq céréales, et d'un commerce florissant, et c'est un lieu spécial où le shinto et le bouddhisme coexistent.
Avec le temple Kiyamaji, le sanctuaire Kiyama Jinja est connu sous le nom de Kiyamasama. Le sanctuaire principal est une magnifique structure architecturale japonaise traditionnelle avec un toit à pignon et à croupe et des tuiles en cuivre. Des statues de divinités qui invitent et accueillent des divinités d'autres régions se trouvent devant une porte qui abrite des divinités qui protègent les lieux sacrés contre les démons. Le sanctuaire principal et la porte sont considérés comme des biens culturels importants dans la préfecture d'Okayama.