In origine, il santuario faceva parte del santuario Kiyamagu, un prodotto del sincretismo shintoista-buddista con il tempio Kiyamaji.

Il santuario Kiyama Jinja fu costruito nell'816 (settimo anno dell'era Konin) ed è dedicato alle divinità Susanoo-no-Mikoto e Kiyama Gozu Tenno.
Qui, le divinità sono venerate da molti come divinità dei cavalli e del bestiame, di un grande raccolto dei cinque cereali e di un'attività commerciale fiorente.
Insieme al Tempio Kiyamaji, il Santuario Kiyama Jinja è conosciuto come Kiyamasama. Il santuario principale è una bellissima struttura architettonica tradizionale giapponese con tetto a capanna e tegole di rame. Statue di divinità che invitano e accolgono le divinità di altre regioni si trovano presso un cancello che racchiude le divinità che proteggono il terreno sacro dai demoni. Sia il santuario principale che il cancello sono stati designati come importanti beni culturali della prefettura di Okayama.